Po burzliwych latach kotrreformacji, prowadzonej przy czynnym udziale austriackich Habsburgów, Kościół katolicki odzyskał na Śląsku dominującą pozycję, ale za cennę wzrastającego stale uzależnienia się od dworu cesarskiego. Wola cesarza dotykała nierzadko spraw ściśle religijno-duszpasterskich, nie mówiąc już o obsadzie stanowisk kościelnych różnego szczebla, zwłaszcza biskupstwa. Taki stan rzeczy ułatwiał w przyszłości władzy świeckiej, nawet gdy była ona wroga katolickiemu, narzucanie Kościołowi kolejnych rygorów i ograniczeń. I tak po śmierci bpa Franciszka Ludwiga Neuburga w 1732 r., kapituła katedralna pod naciskiem dworu wiedeńskiego wybrała na rządcę diecezji wrocławskiej kardynała Filipa Ludwika Sinzendorfa (1732-1747), dotychczasowego ordynariusza węgierskiej diecezji Györ. Sinzendorf był człowiekiem wybitnie światowym i reprezentował typową postawę barokowego księcia biskupa, przenikniętego duchem racjonalizmu i daleko posuniętej lojalności względem władz świeckich. Zgodnie z życzeniem władz austriackich kardynał Sinzendorf przy nominacjach pomijał kandydatów ze Śląska, a coraz częściej dobierał sobie ludzi z Austrii. To wywołało zrozumiałą reakcję kapituły, która zaczęła zabiegać w Rzymie, aby wybór Sinzendorfa ogłoszono za nieważny. Między innymi dość długo ciągnął się spór przeciwko wprowadzeniu austriackiego barona Karola Heuela do kapituły katedralnej, jako że nie odpowiadał wymogom statutowym. Do sporu wciągnięto także nuncjusza papieskiego w Wiedniu. Kres położyła mu dopiero okupacja pruska w 1742 r.

Fryderyk II wkraczając na Śląsk, w układzie berlinskim z 1742 r. teoretycznie gwarantował , że nie naruszy status quo Kościoła katolickiego, praktycznie jednak ograniczał swobodę działania władz kościelnych, wzmacniał intensywnie pozycję protestantyzmu, a ludność polską poddawał ostrej polityce germanizacyjnej. W wyniku ustalenia nowych granic państwowych obszar diecezji wrocławskiej został podzielony na większą część pruską i na część mniejszą, która pozostawała przy Austrii. Opierając się na dotychczasowych ustaleniach, rząd pruski uzależnił od siebie obsadzanie kapituł, beneficjów, probostw, ogłaszanie listów pasterskich, wydawanie dekretów kościelnych, korespondencję ze Stolicą Apostolską itp. Kardynał Sinzendorf przyzwyczajony już do daleko posuniętej lojalności, stał wiernie na usługach Fryderyka i gotów był nawet zgodzić się na realizację planu królewskiego, który zamierzał oderwać Śląsk od Rzymu i stworzyć w Brandenburgii niezależny Wikariat Katolicki z siedzibą w Berlinie pod przewodnictwem biskupa wrocławsiego. Tylko zdecydowany protest papieża Benedykta XIV przekreślił te zamierzenia. Powiódł mu się natomiast inny plan. Otóż bez zgody kapituły i papieża król wyznaczył na koadiutora z prawem następstwa biskupa wrocławskiego, swego ulubieńca, zeświecczałego kanonika Gotharda Schaffgotscha, wchodzącego w skład wrocławskiej loży masońskiej. Fakt ten wywołał wielkie oburzenie wśród duchowieństwa i wiernych, a kapituła odwołała się do Stolicy Apostolskiej. Po długich zabiegach papież zgodził się na Schaffgotscha (1748-1795), który zdaniem nuncjusza , jako biskup zmienił się trochę na męża kościelnego. I niewiadomo, jak potoczyłyby się dalsze losy diecezji wrocławskiej, gdyby nie banicja Schaffgotscha za popieranie Austrii w czasie wojny 7-letniej. Praktycznie pozbawiony możliwości zarządzania całą diecezją, do końca życia przebywał w letniej rezydencji biskupiej w Janowej Górze, skąd administrował tylko austriacką częścią diecezji. Pruską częścią diecezji wrocławskiej zarządzali natomiast wikariusze generalni: Jan Maurycy Strachwitz (1761-1781) i Antoni Ferdynand Rothkirch (1781-1795), mianowani przez Stolicę Apostolską wikariuszami Apostolskimi.

Minister pruski hrabia Schlabrendorf chcąc jeszcze bardziej uprzedzić króla do duchowieństwa katolickiego, przypomniał mu protegowanego Schaffgotscha i złośliwie dodał, że na tysiąc katolickich duchownych nie ma ani jednego z kroplą wiernej krwi dla króla. Stąd ustosunkowanie się władz pruskich do katolickich duchownych było wyjątkowo niechętne i ostre. Już 30 XII 1757 r. Prusacy dali wyraz tej niechęci w przeprowadzonym procesie ks. Andrzeja Falhabera z Kłodzka, który za rozgrzeszenie dezertera wojskowego został skazany na karę śmierci przez powieszenie.

Koniec wieku XVIII był szczególnie bolesny w dziejach narodu polskiego, zwłaszcza po trzecim rozbiorze w 1795 r., kiedy to Polska utraciła niezależność polityczną, a rewolucja francuska z 1789 r. wprowadziła przez swe ustawodawstwo cały szereg niekorzystnych dla Kościoła katolickiego postanowień. Tym samym i na Śląsku ujawniły się tendencje antypolskie i antykatolickie.

Szczególnie ciężkie czasy przypadły na rządy bpa Józefa Chrystiana Hohenlohe-Waldenburg-Bertensteina (1795-1817). Rozpoczęta bowiem przez Fryderyka II polityka germanizacyjna, była kontynuowana i usprawniana przez jego następców: Fryderyka Wilhelma II (1786-1797), Fryderyka Wilhelma III (1797-1840) i Fryderyka Wilhelma IV (1840-1861).

Fryderyk II przez kolonizację zwiększał element niemiecki i protestancki na Śląsku. W 1750 r. wydał rozporządzenie, mocą którego z mieszanych małżeństw synowie mieli iść za ojcem, a córki za matką. Ale już w 1803 r. władze pruskie wydały dekret gabinetowy, wyraźnie wymierzony przeciwko katolikom, gdyż w myśl dekretu, wszystkie dzieci w małżeństwach mieszanych miały być wychowywane w wyznaniu ojca. Ponieważ zaś w większości małżeństw mieszanych ojciec był protestantem, wobec tego dekret stwarzał duże korzyści protestantom. Tym bardziej, że rząd systematycznie wysyłał urzędników pruskich w okolice katolickie, gdzie żenili się oni z miejscowymi katoliczkami. Żołnierzom zaś, mimo iż bykami, nakazano w 1810 r., aby co czwartą niedzielę brali udział w protestanckim nabożeństwie wojskowym, by "wdrażali się w niezbędnym szacunku do panującej religii państwa".

Drugim ciosem była sekularyzacja w 1810 r., która nie tylko pozbawiała Kościół katolicki ogromnej własności, ale nadto wywołała ogromne zamieszanie w organizacji życia kościelnego. Zniesiono cały szereg zakonów, a ich majątek przejęto na rzecz państwa, rozwiązano kapitułę katedralną, którą reaktywowano jednak po daleko posuniętej reorganizacji w 1812 r. oraz zniesiono kapituły kolegiackie.

Kolejny rządca diecezji wrocławskiej bp Emanuel Szymoński (1824-1832), przeżywać musiał z kolei skutki rewolucji francuskiej w postaci józefinizmu i prądów oświecenia. Niektórzy duchowni, głównie z tzw. ruchu neologów, zaczęli występować przeciwko celibatowi, ceremoniom kościelnym, liturgicznemu językowi łacińskiemu itp. Przewodził im jednak bez większego skutku ks. Antoni Theiner - profesor teologii z uniwersytetu wrocławskiego. Za rządów bpa Szymońskiego nastąpiło uregulowanie na nowych zasadach stosunków kościelnych między kurią rzymską, a rządem pruskim, ujęte w bulli "De salute animarum" z 1821 r. Najważniejszym postanowieniem tej bulli było wyłączenie biskupstwa wrocławskiego z metropolii gnieźnieńskiej i bezpośrednie poddanie go Stolicy Apostolskiej. Bulla ustalała też dotację państwa dla biskupstwa niezbędną wskutek sekularyzacji oraz dawała nowe podstawy prawne zreorganizowanej kapitule katedralnej.

Jaskrawym wyrazem załamania się katolicyzmu na Śląsku była bardzo przyjazna dla protestantów działalność a następnie apostazja bpa Leopolda Sedlnickiego (1836-1840). Stanowił on typ biskupa ślepo oddanego rządowi pruskiemu. Pod naciskiem papieża Grzegorza XVI zrezygnował z biskupstwa wrocławskiego w 1840 r. i przeniósł się do Berlina, gdzie przeszedł na protestantyzm. Zmarł w 1871 r.

Po rezygnacji Sedlnickiego biskupstwo wrocławskie było przez trzy lata nie obsadzone, a administrację diecezji sprawował kanonik Józef Ritter. Dopiero w 1843 r. wybrano biskupem wrocławskim wielkiego dziekana kłodzkiego, Józefa Knauera (1843-1845), starca w podeszłym wieku. Nie mógł on rozwinąć energicznej działalności i stąd za jego rządów wszczął zamęt ks. Jan Ronge, który wspólnie z ks. Janem Czerskim zwołał do Lipska w 1845 r. narodowy sobór, podczas którego założył "niemiecko-katolicki" Kościół.

Odradzanie się katolicyzmu na Śląsku dało się zauważyć za rządów bpa Melchiora Diepenbrocka (1845-1853). Należał on do najwybitniejszych biskupów wrocławskich XIX w., któremu udało się podnieść Kościół na Śląsku z głębokiego upadku, wywołanego zarówno przez bpa Sedlnickiego, jak i przez działalność sekty Rongego. Wspierał działalność duszpasterską i charytatywną zakonów, popierał polskie misje ludowe na Górnym Śląsku, wprowadził do seminarium duchownego naukę języka polskiego. Troszczył się o podniesienie poziomu naukowego i duchowego kapłanów oraz o rozwój katechizacji wśród wiernych. Odbywał regularne wizytacje duszpasterskie oraz wprowadził nowe stowarzyszenia zakonne na Śląsku (siostry ubogie, siostry szkolne, boromeuszki, szarytki i altarzystów). Powstały też rodzime zgromadzenia żeńskie, jadwiżanki, elżbietanki i siostry Marii, nastawione głównie na pracę charytatywną, pielęgniarską i wychowawczą. W okresie Wiosny Ludów biskup starał się uspokajać umysły młodych rewolucjonistów i przestrzegał przed gwałtami, kierując do wiernych głębokie listy pasterskie. Wielkim nieszczęściem , jakie spadło na diecezję wrocławską za rządów bpa Diepenbocka były klęski elementarne w postaci posuchy, głodu i tyfusu. Wówczas dotkniętym klęskami katolikom diecezji wrocławskiej pośpieszyli z wydatną pomocą Polacy z Krakowa i Królestwa. Niezwykle owocną i błogosławioną działalność rozwinął w tym czasie ks. Alojzy Ficek, zwłaszcza w zwalczaniu plagi pijaństwa. Zasłynął również jako budowniczy kościoła w Piekarach Śląskich i inicjator wielkich pielgrzymek o charakterze religijno-patriotycznym.

Od XIX w. uwidoczniły się także inicjatywy zmierzające do zaspokojenia potrzeb narodowościowych i religijnych w postaci wydawnictw przeznaczonych dla ludu. Już od 1801 r. zaczęła się rozwijać gęsta sieć zakładów drukarskich, w których wydawano przede wszystkim polskie modlitewniki i książeczki do nabożeństwa oraz wszelka literatura pobożnościowa. Opracowywali je głównie kapłani diecezjalni, czasem zakonnicy. Do najbardziej aktywnych w tym względzie obok wspominanego już ks. Ficka należeli księża: Ignacy Böhm, Józef Szafranek, Antoni Stabik, Józef Kühn, Jan Laxy, a po nich już w XX w. Jan Chrząszcz i Ludwik Skowronek ze swoją "Drogą do nieba".

Wzrost liczby ludności w latach 1850-1890 oraz rozwój ośrodków przemysłowych przyczyniły się do gwałtownego rozwoju miast górnośląskich. W związku z tym zaszła konieczność budowy nowych kościołów, będących początkowo filią lub kuracją, które przekształcano z czasem w kościoły parafialne.

Po śmierci Diepenbrocka odznaczonego w 1850 r. godnością kardynalską, rządy w diecezji wrocławskiej objął znany i ceniony kaznodzieja katedralny, bp Henryk Förster(1853-1881). Wprowadził on pewien rodzaj synodów diecezjalnych - konferencje duszpasterskie, otworzył siedziby dla niższych seminariów duchownych i dla teologicznego konwiktu, założył wiele szkół katolickich, szczególnie tam, gdzie katolicy byli w mniejszości, zbudował szereg kościołów i kaplic, częściowo z własnego funduszu, popierał zakony trudniące się pielęgnowaniem chorych, a franciszkanom przekazał miejsce pątnicze na Górnym Śląsku - Górę św. Anny. Na okres jego rządów przypada powstanie sekty "starokatolików", której zwolennikami byli m.in. profesorowie teologii uniwersytetu wrocławskiego. Najboleśniejszym ciosem w czasie rządów bpa Förstera był "Kulturkampf". Kanclerz Bismarck uważał protestantyzm za podstawę potęgi i kultury niemieckiej. W związku z tym postanowił zniszczyć polskość i katolicyzm w granicach państwa niemieckiego. Wydane w 1873 r. prawa majowe uzależniały całkowicie Kościół od władz państwowych. Zaprowadzono śluby cywilne, rozproszono studentów teologii, prześladowano księży, około tysiąc parafii pozbawiono duszpasterzy, a biskupa zmuszono do złożenia urzędu. Po latach ucisku Bismarck przekonał się o bezowocności dalszej walki, która przyczyniła się do skonsolidowania katolików śląskich. Walkę z Kościołem zakończył Bismarck nawiązaniem kontaktów z papieżem Leonem XIII i zawarciem konkordatu z Kościołem.

Wraz z próbą reformy katolickiej rozpoczęta została również akcja kontrreformacyjna czyli działalność władz świeckich przeciwko instytucjonalnym formom życia religijnego protestantów. Ta droga rekatolicyzacji była jakby szybsza i bardziej spektakularna, ale w końcowym efekcie raczej fatalna. Niemniej jednak już 12 IV 1523 r. król Ludwik zabraniał propagowania luteranizmu pod sankcją konfiskaty mienia. Podobnie król polski Zygmunt Stary 11 XI 1523 r. ganił miasta śląskie, zwłaszcza Wrocław, że zbyt łatwo ulegają nauce przeciwnej Biblii, świętym soborom, świętych i papieży oraz zawłaszczają dobra zapisane Kościołowi. W rok później kazał z tego powodu zamknąć granice Królestwa dla handlu z Wrocławiem. Na przełomie XVI i XVII w. akcja kontreformacyjna zaczęła przybierać na sile, zwłaszcza po bezpośrednim włączeniu się do niej cesarza Rudolfa i jego krewniaka arcyksięcia Ferdynanda, wykazującego szczególną gorliwość w bezwzględnym zwalczaniu protestantyzmu.

Na Górnym Śląsku akcję kontrreformacyjną prowadzili poszczególni panowie, zwłaszcza rezydujący w Głogówku Oppersdorfowie. Już w latach 1605-1606 sprowadzili do Głogówka jezuitów z kolegium ołomunieckiego i wspierali ich w działalności rekatolicyzacyjnej Śląska. W 1617 r. Jan Jerzy Oppersdorf kazał wszystkich protestantów domagających się wolności religijnej pojmać i napiętnować publicznie jako szelmów i buntowników. Zbór ewangelicki kazał zburzyć, szkołę ewangelicką skasował, a wszystkich zwolenników wyznania augsburskiego wyrzucił z miasta. W ten sposób protestantyzm w Głogówku został zlikwidowany. Polityka wyznaniowa Oppersdorfów doprowadziła jednak do rozruchów, które trwały w ich posiadłościach kilka lat i zakończyły się dopiero w 1625 r.

W 1613 r. na katolicyzm przeszedł książę Adam cieszyński, który w gorliwości konwertyty zaczął rugować w swoim księstwie wpływy protestanckie. Podobnie postąpił konwertyta hrabia Karol Lichtenstein, któremu cesarz przekazał księstwo opawskie. Tym samym w kolegium książąt zasiadło już trzech katolików, a nie jak dawniej tylko jeden - biskup wrocławski. W 1622 r. dołączył do nich jeszcze rządca księstwa karniowskiego i stąd w dalszej kolejności przystąpiono do zlikwidowania naczelnej władzy kościoła ewangelickiego, jakim był konsystorz. W księstwach zaś podlegających bezpośrednio cesarzowi (jak opolsko - raciborskie) nakazano wypędzenie pastorów i redukcję kościołów. Bp Karol Habsburg będący na wygnaniu u swego szwagra Zygmunta III - króla polskiego, mógł powrócić do diecezji i rozwinąć pełną już akcję rekatolicyzacyjną. W związku z tym mianował swoim koadiutorem Karola Ferdynanda Wazę, syna Zygmunta III, którego kapituła wybrała w 1625 r. biskupem wrocławskim, a założone w 1623 gimnazjum nyskie powierzył jezuitom.

Z powodu nieobecności bpa Karola Ferdynanda Wazy w diecezji wrocławskiej, wielkie znaczenie i powagę zyskał zastępujący go sufragan Jan Baltazar Liesch von Hornau (1592-1661) i zasłużony wizytator diecezji archidiakon Piotr Gebauer. To dzięki Gebauerowi wiemy dokładnie jaki był w tym czasie stan diecezji: stosunkowo wiele opuszczonych kościołów i plebanii, zniszczone życie religijne, dotkliwe ubóstwo proboszczów, wyjątkowo niska obecność wiernych na Mszy św. niedzielnej i ignorancja religijna.

Diecezję doświadczyła ponadto bardzo boleśnie wojna trzydziestoletnia (1618-1648), zwłaszcza w 1630 r., kiedy to Gustaw Adolf przybył protestantom na pomoc. Wówczas to Szwedzi i zjednoczeni z nimi Sasi zniszczyli wiele kościołów, znieważyli katolickich duchownych, znęcali się nad katolikami; w katedrze wrocławskiej odprawiali swoje nabożeństwa, a dolny kościół św. Krzyża zamienili na stajnię. Zniszczyli również bezcenny księgozbiór z Biblioteki Kapitulnej. Żołnierze splądrowali ponadto wiele kościołów i klasztorów. Dzieła zniszczenia dopełnił jeszcze w 1633 r. wybuch zarazy, która zdziesiątkowała mieszkańców Śląska także niektóre wioski zupełnie wymarły.

Poprawę sytuacji przyniósł dopiero pokój westwalski w 1648 r. podczas którego przyznano w całych Niemczech równouprawnienie katolikom i protestantom. Na Śląsku zaś zakończenie wojny trzydziestoletniej wprowadziło działania kontrreformacyjne w fazę szczytową. Traktat pokojowy oddawał bowiem cesarzowi obok wielu innych praw, także prawo stanowienia o sprawach religijnych. Tym samym zakończył on w sprawach wyznaniowych politykę kompromisów i powolnych starań, a zapoczątkował okres stanowczej walki z protestantyzmem na rzecz wyznania katolickiego. W przedsięwzięciu tym władze cesarskie nie wykluczały aktów przemocy i gwałtu. W ramach samej tylko redukcji kościołów, odebrano protestantom przeszło 700 świątyń i przekazano je katolikom. Było to jednak zwycięstwo pozorne i nie mogło przysłonić smutnego położenia Kościoła na ziemi śląskiej w XVII i XVIII stuleciu. Cesarz bowiem zwalczając protestantyzm w granicach swego państwa, uwalniał wprawdzie Kościół katolicki od religijnego przeciwnika, ale narzucał mu jednocześnie swoją własną wolę. Szczególnie uciążliwą okazała się z czasem ingerencja władz cesarskich przy obsadzaniu beneficjów kościelnych, a zwłaszcza przy wyborze biskupa. Kandydaci cesarscy na biskupów wrocławskich, wbrew przepisom prawa kanonicznego, nie posiadali zwykle odpowiedniego wieku i święceń kapłańskich, a przy tym skupiali zwykle w swym ręku rządy więcej niż jednym biskupstwem. Po śmierci bpa Karola Ferdynanda w 1655 r. na tronie biskupim zasiadali arcyksiążęta austriaccy: Leopold I Wilhelm Habsburg (1656-1662), który tylko raz zagościł do Wrocławia i Karol Józef Habsbur (1663-1664), czternastoletni syn cesarza Ferdynanda III. W takich warunkach trudno było marzyć o właściwej pracy duszpasterskiej w diecezji wrocławskiej, skoro nawet w obiegowych wypowiedziach odrodzony na Śląsku katolicyzma nazywano wprost katolicyzmem cesarskim. Stolica Apostolska nie znajdując innego rozwiązania, traktowała ten stan jako zjawisko przejściowe i niejako z konieczności udzielała w tym względzie wszelkich potrzebnych dyspens. Stąd wielkie zasługi na polu odrodzenia religijno-duchowego mieli biskupi sufragani, którzy w imieniu ordynariusza zarządzali diecezją wrocławską "in spiritualibus" czyli w sprawach duchowych. Większe ożywienie religijno-kościelne w diecezji wrocławskiej po rządach arcyksiążąt wprowadził bp Sebastian Rostock (1664-1671). W działalności swej wydatną pomoc znalazł on w zakonie jezuitów i kapucynów, którzy wykazywali szczególną gorliwość na polu kaznodziejskim, misyjnym, wychowawczym i liturgicznym. Następca jego kardynał Fryderyk Hessen Darmstadt (1671-1682), nawrócony w 1637 r. na katolicyzm, kładł wielki nacisk na okazałość nabożeństw, rozwój kultu eucharystycznego wskrzeszając m.in. po długich latach procesje Bożego Ciała oraz założył bractwo Najświętszego Sakramentu. Wzniesiona za jego rządów kaplica św. Elżbiety przy katedrze wrocławskiej jest pierwszą barokową budowlą na Śląsku. Wybrany pod naciskiem cesarskim kolejny biskup wrocławski Franciszek Ludwik Pfalz-Rhein Neuburg (1683-1732) brat cesarzowej Eleonory, mimo młodego wieku (19 lat) i baraku święceń kapłańskich oraz zarządu trzema innymi biskupstwami, cieszył się w dziejach diecezji opinią jednego z lepszych i wybitniejszych włodarzy. Pełniąc urząd kanclerza w cesarstwie i namiestnika cesarskiego na Śląsku, szczególną uwagę poświęcił szkolnictwu i pielęgnowaniu chorych, oraz rozwojowi życia zakonnego w diecezji. Był typowym biskupem barokowym, który przyczyniał się do rekatolicyzacji Śląska bardziej jako człowiek świecki aniżeli duchowny. Na pełne odrodzenie katolicyzmu, zwłaszcza od strony wewnętrznej należało jeszcze trochę poczekać.